José Antonio Griñán conocía en su etapa de consejero de Economía del Gobierno andaluz de Manuel Chaves la trama de presuntas irregularidades en el pago de los ERES falsos que investiga la juez Mercedes Alaya, titular del Juzgado de Instrucción número 6 de Sevilla.
Según el auto de la magistrada, la Intervención General puso de manifiesto “de forma reiterada y explícita” tanto a Griñán, hoy presidente de la Junta de Andalucía, a IDEA (Agencia de Innovación y Desarrollo de Andalucía) y al consejero de Innovación, Ciencia y Empresa que con la utilización del método de transferencia de financiación se había estado “prescindiendo total y absolutamente del procedimiento administrativo adecuado, que es la subvención excepcional”.